Euroopan komissio on 13.6.2007 antanut suosituksen (2007/425/EY) luonnonvaraisten eläinten ja kasvien suojelusta niiden kauppaa sääntelemällä annetun neuvoston asetuksen (EY) N:o 338/97 täytäntöönpanon valvontatoimista. Suosituksen mukaan jäsenvaltioiden olisi varmistettava, että asetuksen rikkomisista määrättävät rangaistukset estävät luonnonvaraisilla lajeilla käytävään kauppaan liittyviä rikoksia, että rangaistuksia sovelletaan yhdenmukaisesti ja että rangaistuksissa otetaan huomioon muun muassa yksilöiden markkina-arvo, rikokse[e]n kohteena olevien lajien suojeluarvo ja rikokseen liittyvät kustannukset (kohta II c).
Luonnonsuojelurikoksena ei pidetä tekoa, jonka merkitys luonnonsuojelun kannalta on vähäinen (RL 48:5.4). Rikoksen lievästä tekomuodosta (luonnonsuojelurikkomus), joka on myös osin itsenäinen tekotyyppi, säädetään luonnonsuojelulain 58 §:ssä. Luonnonsuojelurikkomuksesta voidaan tuomita sakkorangaistus.
Syyksiluettavuus. Perustunnusmerkistön mukainen luonnonsuojelurikos on rangaistava sekä tahallisena että törkeästä huolimattomuudesta tehtynä. Säädettäessä rikokselle törkeää tekomuotoa on kuitenkin harkittava, tulisiko törkeän tekomuodon olla rangaistava vain tahallisena kuten esimerkiksi törkeässä sisäpiirintiedon väärinkäytössä. Törkeästä huolimattomuudesta tehtyihin tekoihin sovellettaisiin tällöin ainoastaan luonnonsuojelurikoksen tunnusmerkistöä. Koska luonnonsuojelurikoksissa on usein kysymys huolellisuus- tai selonottovelvoitteen rikkomisesta, esityksessä ehdotetaan, että törkeä luonnonsuojelurikos olisi rangaistava myös törkeästä huolimattomuudesta tehtynä. Erityisesti tavoiteltaessa huomattavaa taloudellista hyötyä tai tehtäessä rikos erityisen suunnitelmallisesti olisi kuitenkin asiallisesti lähes aina kyse tahallisesta teosta.
Pääministeri Juha Sipilän hallituksen ohjelman (29.5.2015) mukaan luonnonsuojelun taso turvataan (s. 23). Oikeusasioissa tavoitteena on muun muassa, että rangaistukset vastaavat yleistä oikeustajua. Ohjelman mukaan hallituskaudella varmistetaan, että rikoksista annettavat rangaistukset ovat oikeudenmukaisessa suhteessa teon moitittavuuteen (s. 34—35). Kansallinen ympäristörikosten seurantaryhmä (20.9.2013), ympäristörikosten avainsyyttäjät (4.10.2013) ja Suomen luonnonsuojeluliitto (5.12.2012) ovat ehdottaneet, että luonnonsuojelu- ja ympäristörikossäännöksiä tarkistettaisiin.
Pakkokeinot ja salaiset tiedonhankintakeinot. Eduskunnan lakivaliokunnan mukaan (esim. LaVM 21/1994 vp, LaVM 3/1998 vp, LaVM 1/1999 vp, LaVM 38/2014 vp) rangaistusasteikot on määrättävä tekojen haitallisuuden ja paheksuttavuuden eli niiden rangaistusarvon mukaan eikä rikosoikeudellisten pakkokeinojen edellytysten perusteella. Pakkokeinojen käyttömahdollisuudet on harkittava erikseen.
Törkeän tekomuodon säätäminen parantaisi törkeimpien luonnonsuojelurikosten tutkintamahdollisuuksia, mikä edistäisi rikosten selvittämistä. Laajentuneet pakkokeinot aiheuttaisivat jonkin verran lisätyötä tuomioistuimille ja esitutkintaviranomaisille. Lisätyön arvioidaan kuitenkin olevan toteuttavissa viranomaisten nykyisten voimavarojen puitteissa.
Liiketoiminnassa tehtävien ympäristörikosten kautta voi olla mahdollista saavuttaa erittäin suurta taloudellista hyötyä. Tekijän motiivina on tällöin kilpailuedun saavuttaminen, ja rikos johtaa tällöin kilpailun vääristymiseen. On jopa mahdollista, että koko yhtiön liiketoiminta ja sen kannattavuus perustuu ympäristösäännösten rikkomiseen, esimerkiksi jätteiden hävittämiseen määräysten vastaisesti.